Le village est situé dans l'arrondissement de Thann Guebwiller à 6 km à l'Est du chef-lieu. Il fait partie du canton de Guebwiller, dont il est distant de 6 km et à la même distance de la ville de ROUFFACH.

Sa dénomination a plusieurs fois changé au cours des siècles :

• Marchunisen (789)
• Merkenheim (1134)
• Mackensheim (1194-1302)
• Merkisheim (1441)
• Marxen (1576)

Le nom actuel date du XVIIème siècle.

Le village fut habité dès le 3e millénaire avant Jésus-Christ. Les nombreuses trouvailles préhistoriques en font foi, telle la grande urne reconstituée et déposée au Musée UNTERLINDEN à COLMAR. Des monnaies d'argent attestent de l'âge des Gaulois, L'occupation romaine a également laissé des traces : tels les vestiges de villas et d'un hypocauste. Du passage des hordes barbares ont été trouvés des ossements d'un cheval harnaché et de deux guerriers Alamans. Divers objets en fer et de la céramique nous parlent encore de l'époque mérovingienne.

Appartenant dès 790 à l'abbaye de MURBACH auquel il revint en 1291 après la renonciation par les Habsbourg à l'avouerie. En 1135 on y relève déjà la présence de familles nobles. Celles-ci furent inféodées sous le nom de nobles de HUSE du village de MERXHEIM. En 1414, Merxheim fut vendu à Catherine de Bourgogne, veuve de Léopold IV duc d'Autriche et fit partie dorénavant de la seigneurie autrichienne d'ISSENHEIM. Celle-ci devint après les traités de WESTPHALIE en 1648, une seigneurie française donnée à Mazarin et à ses héritiers en 1659. La seigneurie fut supprimée par la Révolution de 1789.

Situé à l'époque à l'écart des grandes routes, MERXHEIM fut épargné des guerres du XVe siècle. Il devait par contre souffrir horriblement pendant la guerre des 30 Ans de 1618 à 1648.

Très dépeuplé après le Traité de Westphalie en 1648, le village connut une forte immigration helvétique, notamment des citoyens du pays lucernois. On prétend qu'après le guerre suédoise MERXHEIM ne comptait plus que 3 hommes : un SCHMIDT, un KIMPFLEN et un HOLDER. S'étant cachés, ils ont pu survivre à la catastrophe.

La première école fut construite à la fin du XVIlle siècle, la gare en 1884. L'école actuelle fut érigée en 1970, l'école maternelle en 1952 et agrandie en 1971. L'église date de 1772,  le clocher date du Xle siècle, il est classé monument historique. Il a été restauré en 1982.

Evolution de la population de Merxheim depuis 1962

Les armoiries de Merxheim se blasonnent d’azur à la croix pommetée d’or